Dans la conf d'apache (/etc/apache2/sites-availables/), modifier le fichier correspondant au site concerné

et ajouter un - devant Indexes dans la ligne Options

Exemple:

<VirtualHost *:80>

ServerName test.com

DocumentRoot /home/test/www
<Directory "/home/test/www">
        Options -Indexes FollowSymLinks MultiViews
        AllowOverride All
        Order allow,deny
        Allow from all
    </Directory>

ErrorLog /var/log/apache2/test-error.log
    LogLevel warn

CustomLog /var/log/apache2/test.log combined
    ServerSignature On
</VirtualHost>