Si on efface un fichier qui est encore utilisé par un service (au hasard, un /var/log/auth.log qui a pris trop de place), l'espace n'est pas libéré par le service.
Du coup, l'espace disque ne change pas mais on ne voit plus le fichier. Le plus simple est de redémarrer le service en cause (apache2, rsyslog, mysql, ...) ou de redémarrer tout le serveur si ce n'est pas trop génant...
Petite astuce, la commande lsof -L1 permet de lister les fichiers "fantômes" encore bloqués par les services et de voir la taille occupée.
Si lsof n'est pas dispo, un simple sudo apt install lsof suffit à l'installer.
